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生物统计、系统生物学、DNA计算模型的理论和应用
计算方法、程序设计(C++)、人工智能、人工智能概论、科研实践、程序设计实习、复杂网络及其应用
1. 国家重点研发计划（子课题）：鲁棒元学习算法设计（2021YFA10000102-3），2021.12-2026.11, 80万，负责人
2. 国家自然科学基金项目：大规模图数据的拓扑表达性和超低复杂度可计算性研究（61873281），2019.1-2022.12，65万，主持人
3. 山东省自然科学基金项目：自组织脉冲神经膜系统的计算性能及其在智慧海洋环境预报中的应用研究（10508299），2019.5-2022.6， 20万，第三位
4. 国家自然科学基金项目：基于大家族生物序列数据的多位点连锁IBD计算和性状位点定位方法研究（61572522），2016.1-2019.12，80.4万，主持人
5. 中国石油大学引进人才科研基金项目：复杂逻辑网络理论及其在人类遗传疾病研究中的应用，2014.3-2019.2，175万，主持人
6. 国家自然科学基金项目：基于尺度选择性收获的渔业资源的结构进化及动力学研究（11371230），2014.01-2017.12，65万，第二位
7. 山东省青岛市黄岛区科技项目：复杂逻辑网络分析方法在全基因组关联研究中的应用（2014-1-43），2014.06-2016.06，10万，主持人
8. 国家自然科学基金项目：复杂基因网络若干理论和应用研究（61170183），2012.1-2015.12，59万，主持人
9. 山东省优秀中青年科学家科研奖励基金：复杂网络方法在基因逻辑网络中的应用研究（BS2011SW025），2012.1-2014.12，6万，主持人
10. 校杰出青年奖励基金：复杂基因逻辑网络中的若干理论和应用研究（2010KYJQ104），2010.1-2012.12，15万，主持人
11. 国家自然科学基金项目：基于网络核与核度理论的基因网络研究（60874036），2009.1-2011.12，37万，主持人
12. 博士点基金：NP-完全问题DNA计算机模型研究(20070001020)，2008.1-2010.12，6万，（2/9）
13. 国家自然科学基金项目：DNA计算中的核酸序列设计研究（30670540），2007.01-2009.12，27万，主要成员
14. 国家863项目：NP完全问题的DNA计算机研制（2006AA01Z104，6/12），2006.12-2008.12，100万，主要成员
15. 国家自然科学基金重点项目：图信息处理DNA计算机模型研究（60533010），2006.1-2009.12，200万，（6/13）
16. 国家自然科学基金项目：DNA计算模型的理论研究及应用（60503002），2006.1-2008.12，26万，主持人
17. 中国国家博士后基金项目：通用Watson－Crick图灵机模型的理论研究与应用（20060400344），2006.6-2008.6，3万，主持人
18. 国家自然科学基金项目：DNA 计算在图论与组合优化中的应用（60103021），2002.01-2004.12，3万，主要成员
19. 国家自然科学基金项目：基于DNA 计算的系统优化方法探索（60174047），2002.01-2004.12，20万，主要成员
1． Shudong Wang, Yuanyuan Zhang, Hongting Mu, Shanchen Pang, Identification of Cancer Trait Genes and Association Analysis under Pan-cancer. Current Bioinformatics, doi: 10.2174/1574893616666210601151306.(SCI)
2． Shudong Wang, Zhenzhen Du, Mao Ding, Alfonso Rodriguez-Paton, Tao Song. KG-DTI: a knowledge graph based deep learning method for drug-target interaction predictions and Alzheimer's disease drug repositions[J]. Applied Intelligence, 2021(4). (SCI)
3． Shudong Wang, Dayan Liu, Mao Ding, Zhenzhen Du, Yue Zhong, et al. SE-OnionNet: A Convolution Neural Network for Protein–Ligand Binding Affinity Prediction[J]. Frontiers in Genetics, 2021, 11:607824.(SCI)
4． Shudong Wang, Gaowei Liu, Xinzeng Wang, Yuanyuan Zhang, Sicheng Zhang, Yulin Zhang. TagSNP-set selection for genotyping using integrated data. Future Generation Computer Systems-the International Journal Of Escience, 2021, 115: 327-334. (SCI)
5． 王淑栋, 尹文静, 董玉坤, 张莉, 刘浩.面向顺序存储结构的数据流分析. 软件学报, 2020, 31(5): 1276-1293. （EI）
6． Shudong Wang, Jixiao Wang, Xinzeng Wang, Yuanyuan Zhang, Tao Yi*. Identification of critical core genes of sarcoma based on centrality analysis of networks nodes. Journal of Medical Imaging and Health Informatics, 2020.(SCI)
7． Wang Shudong, Dong Liyuan, Wang Xun, Wang Xingguang. Classification of Pathological Types of Lung Cancer from CT Images by Deep Residual Neural Networks with Transfer Learning Strategy. Open Medicine, 2020, 15(1): 190-197.(SCI)
8． Shanchen Pang, Kexiang Xu, Shudong Wang（通信作者）, Min Wang, Shuyu Wang, Energy-saving Virtual Machine Placement Method for User Experience in Cloud Environment, Mathematical Problems in Engineering, 2020.(EI)
9． Yulin Zhang, Tong Feng, Shudong Wang(通信作者), Ruyi Dong, Jialiang Yang, Jionglong Su, et al. A Novel XGBoost Method to Identify Cancer Tissue-of-Origin Based on Copy Number Variations[J]. Frontiers in Genetics, 2020, 11.(SCI)
10． Leiyu Tang, Chenxi Wang, Shudong Wang, Guoliang Dong, Jiancong Fan. A novel fuzzy clustering algorithm based on rough set and inhibitive factor[J]. Concurrency and Computation: Practice and Experience. 2020, 33(6). (EI)
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12． Shudong Wang, Tianyu Zhao, Shanchen Pang. Task scheduling algorithm based on improved firework algorithm in fog computing[J]. IEEE Access, 2020, PP(99):1-1. (SCI)
13． Shaoqiang Wang, Shudong Wang, Song Zhang, Fangfang Fan, Gewen He. Research on Recognition of Medical Image Detection Based on Neural Network[J]. IEEE Access, 2020, PP(99):1-1.(SCI)
14． Shudong Wang, Yanqing Li, Shanchen Pang, Qinghua Lu, Shuyu Wang, Jianli Zhao. A Task Scheduling Strategy in Edge-Cloud Collaborative Scenario Based on Deadline. Scientific Programming 2020: 3967847:1-3967847:9.(SCI)
15． Tongmao Ma, Shaohua Hao, Xun Wang, Alfonso Rodríguez-Patón, Shudong Wang（通信作者）, Tao Song. Double Layers Self-Organized Spiking Neural P Systems With Anti-Spikes for Fingerprint Recognition. IEEE Access 2019, 7: 177562-177570. (SCI)
16． Yukun Dong, Wenjing Yin, Shudong Wang（通信作者）, Li Zhang, Lin Sun. Memory Leak Detection in IoT Program Based on an Abstract Memory Model SeqMM. IEEE Access 7: 158904-158916. (SCI)
17． Shudong Wang, Lihua Wang, Yuanyuan Zhang, Shanchen Pang, Xinzeng Wang. PEIS: a novel approach of tumor purity estimation by identifying information sites through integrating signal based on DNA methylation data. BMC Bioinform, 2019, 20(22): 714.(EI)
18． Shanchen Pang, Shudong Wang, Tao Song, Xun Wang, Pan Zheng. Special Issue on Service-Oriented Computing[J]. Journal of Organizational & End User Computing, 2019, 31(3):ⅴ-ⅵ.(SCI)
19． Yuanyuan Zhang, Chuanhua Kou, Shudong Wang, Yulin Zhang. Genome-wide differential-based analysis of the relationship between DNA methylation and gene expression[J]. Current Bioinformatics, 2019, 14(8):783-792.(SCI)
20． Xun Wang, Shudong Wang, Tao Song. A Spectral Rotation Method with Triplet Periodicity Property for Planted Motif Finding Problems.[J]. Combinatorial chemistry & high throughput screening, 2019, 22(10):683-693.(SCI)
21． Yuanyuan Zhang, Shudong Wang, Xinzeng Wang. Data-driven-based Approach to Identifying Differentially Methylated Regions Using Modified 1D Ising Model. Biomed Research International. 2018, 1070645. (SCI)
22． Shudong Wang, Xinzeng Wang, Qifang Song, Yuanyuan Zhang. High- Order Degree and Combined Degree in Complex Networks. Mathematical Problems in Engineering, 2018, 2018:1-12. (SCI)
23． Xinzeng Wang, Shudong Wang, Xinzhu Meng. A Novel SNP-set Analysitic Method without Distinguishing Common or Rare Variants in Genome-wide Association Study. International Journal of Biomathematics, 2018, 11(7):1850094. (SCI)
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28． Shudong Wang, Ting Liu. Analysis and Study of Cascading Failures in Gene Network. Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, 2015, 12(7): 1452-1456.（EI）
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53． Liu Wenbin, Zhu Xiangou, Wang Xianghong, Yin Zhixiang, Wang Shudong. Simulating the XOR Gates based on the Induced Hairpin Formation. Current Nanoscience, 2008, 4(1): 108-110.（SCI）
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57． Li Zhen, Wang Shudong, Li Eryan. Partial Words Used for DNA Encoding. IET Seminar Digest, 2008, 3:302-306.（EI）
58． Shu-Dong Wang, Li-Jun Yan, Xiang-Rong Liu. On the Maximum Average Degree and the Incidence Chromatic Number. 北京大学学报，2008, 44(5):727-732.（EI）
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77． 许进, 王淑栋, 潘林强. 《DNA计算: 一种新的计算模式》, 译著, 清华大学出版社, 2004. 9.
78． 刘文斌, 王淑栋, 许进. 可满足性(SAT)问题的几种DNA计算模型. 小型微型计算机系统，2004, 25(10): 1321-1325.
79． 董亚非,王淑栋,许进. DNA计算的粘贴模型及在组合优化中的应用. 华中科技大学学报, 2003, 31(9): 59-61.
80． 王淑栋, 许进, 刘会新. 用混合遗传算法求解图的邻强边着色问题. 系统工程与电子技术, 2003, 25(5): 617-620.
81． 王淑栋, 许进, 董亚非. 图的最小覆盖问题的面上DNA解法. 小型微型计算系统, 2003, 25(2): 242-244.
82． 刘文斌, 高琳, 王淑栋, 刘向荣, 许进. 最大匹配问题的DNA表面计算模型. 电子学报, 2003, 31(10): 496-499.（EI）
殷志祥, 刘文斌, 董亚非, 王淑栋. DNA计算在组合优化中的应用及其复杂性. 系统工程与电子技术, 2003, 25(4): 427-431.（EI）
1． 2005年度教育部提名国家科学技术奖自然科学一等奖：优化计算中若干理论及其应用的研究。（13人9位）：许进，魏小鹏，张强，张军英，殷志祥，刘亚春，王世英，刘文斌，王淑栋，马润年，高琳，潘林强，张凤月；
2． 2005年度山东省高等学校优秀科研成果奖自然科学二等奖：图与仿生计算理论及应用的研究。（5人1位）：王淑栋，刘文斌，刘西奎，陈学刚，庞善臣；
3． 2010年度山东省青岛市自然科学二等奖: 生物计算理论、模型及优化应用。（5人1位）：王淑栋，潘林强，刘文斌，庞善臣，陈学刚；
4． 2007年度浙江省高等学校优秀科研成果奖自然科学二等奖：DNA计算模型及应用研究。（5人5位）：刘文斌，朱翔鸥，张强，刘向荣，王淑栋；
5． 第九届山东省青年科技奖，山东省科学技术协会
6． 2017年度教育部科技进步二等奖：面向能源行业的智能服务软件关键技术及应用。（10人6位）
7． 2018年中国产学研合作促进会创新成果二等奖：知识驱动的油气开采智能生产关键技术。（10人8位）
8． 2018年中国石油和化学工业联合会科技进步三等奖：大数据环境下油气开采智能生产关键技术
9． 2019年度教育部科技进步二等奖：边云协同的油气物联网智能决策关键技术及应用（15人2位）
10． 2019年中国产学研合作促进会创新成果二等奖.边云协同的能源开采智能决策关键技术（10人3位